Al concretarse la ruptura de la Federación Centroamericana, los cinco países iniciaron su vida como estados independientes y soberanos, dando así inicio a la Reacción conservadora. Con el fin de mantener vigente estos gobiernos conservadores, se hizo necesaria la formación de alianzas, bajo el liderazgo de Rafael Carrera de Guatemala.

Este período se caracterizó por la lucha entre diferentes caudillos, tanto a nivel regional como local; la constante persecución a los Morazanistas, quienes fueron obligados a vivir en el exilio y cuyos movimientos estuvieron constantemente vigilados; la readopción de medidas de corte colonial; pago del diezmo; restauración de los viejos privilegios y beneficios de la Iglesia Católica y la consolidación del separatismo, a pesar de diversos intentos por lograr la unión regional.

Junto a este conflictivo panorama, las actuaciones de los grupos dirigentes provocaron la intervención de intereses foráneos que amenazaron la integridad soberana de la región. La invasión de William Walker a Nicaragua, apoyado por los intereses esclavistas del sur de los Estados Unidos de América, propició la alianza de los ejércitos de los países centroamericanos. Se dieron, además, las intromisiones británicas y estadounidenses con el fin de obtener el control sobre la futura ruta de comunicación interoceánica; situación que provocó la batalla diplomática entre las dos naciones que concluyó con la firma del Tratado Clayton-Bulwer en 1850.

Por medio del Tratado Wyke-Cruz, Gran Bretaña le devolvió a Honduras el territorio de las Islas de la Bahía, así como la región de La Mosquitia. A petición del gobierno británico, se permitió la libertad de cultos a los habitantes de las Islas de la Bahía, situación que provocó divergencias entre el Estado hondureño y la Iglesia Católica.

Al carecer de un mercado interno integrado y de un producto de exportación viable, la economía hondureña estaba desarticulada, dada la existencia de diversas zonas productivas. El comercio era local o regional, según el tipo y área de producción. Los diferentes gobiernos intentaron sanear esta situación al ejecutar medidas para impulsar el cultivo del añil y del café y fomentar la construcción de vías de comunicación; sin embargo no tuvieron éxito.

Es en este período en que los gobiernos de Honduras, especialmente el de José Trinidad Cabañas y posteriormente el de José María Medina, iniciaron las gestiones para la construcción del ferrocarril interoceánico a través de nuestro territorio. Estas gestiones estaban encaminadas a obtener el financiamiento externo para esta obra, que se esperaba resolviera los problemas que aquejaban al país.